備忘録

シミュレーションや計算機の使い方などのメモです。

• 粒子系シミュレーションにおける高速化のメモ
  粒子系のMD/MCシミュレーションを実装し、高速化していく手順の個人的覚書。短距離相互作用限定。ループアンロールやSIMD化の詳細は、慶應大学・渡辺宙志先生がお書きになった資料へのリンクで代えています。
• モンテカルロ法の軌道の解析について私が知っている二、三の事柄
  粒子系のモンテカルロ法の実装と、得られた軌道から緩和ダイナミクスを計算するときに気をつけるべき点のメモ。
• Eigenで実対称行列の固有値を計算する
  C++のライブラリEigenを使って、実対称行列（密行列）の固有値・固有ベクトルを計算するコード。高速化のため、バックエンドにIntel MKLやOpenBLASを使ってコンパイルする方法も書いた。
• 速度ベルレ法の導入
  これからMDを使う4年生に向けて、研究室内で話した内容のノート。
• 分子動力学法の各種時間発展アルゴリズムのチートシート

• 2026年度夏学期 学問への扉「物理シミュレーション入門」演習（大阪大学1年生向けの少人数ゼミ）

  • Pythonプログラミング入門（テイラー展開、1次元ランダムウォーク、円周率推定、ロジスティック写像）
  • 1次元調和振動子の分子動力学法（速度ベルレ法、オイラー法、減衰振動）
  • 2次元Lennard-Jones粒子系の分子動力学法（ムービー付きはこちら）
  • 運動方程式以外の微分方程式（ロトカ・ヴォルテラ方程式、SIRモデル）
  • モンテカルロ法（2次元イジング模型）
  • エージェントベースモデル（シェリングの分居モデル、ライフゲーム）